川普在疫情的“度”的被指责上肯定有些冤；“量”上，只能暂时说，新冠死亡的数字没那么多简单回顾一下，什么是病毒核酸PCR检查和CT值什么是核酸PCR检测和CT值全球都有数量级的高报“无传染病学意义的阳性”感染数据的情况 全球绝大多数国家包括美国和中国，都把诊断为阳性的CT值标准，定为小于37，或者甚至是小于40为阳性。美国官方指导标准，CT最高小于40时，是阳性中国新型冠状病毒肺炎防控方案（第七版），CT小于37时，是阳性当我们谈起新冠病毒感染，我们真正担心或恐惧的是致病性和传染性 再次回顾，《纽约时报》和美国哈弗科学家对当前CT值标准的质疑多达90％被报告为阳性的人几乎没有携带任何病毒CT值由小于40 调整到30作为阳性判断标准，阳性感染人数差距可以达到90%。中国武汉5月近1000万人全民检测，使用CT值小于37的标准，检测出来的300阳性，均证明无症状也无传染性“反川派”美国首席传染病专家Anthony Fauci（安东尼·福奇）也认为CT超过35没有流行病学意义无流行病学意义的“实验室阳性”的数据过多，引起非常多问题FDA为什么还是把CT值设定为40？耶鲁大学New Haven医院对《纽约时报》的回应值得进一步讨论的地方： 这个CT值虽然标准定的高，但误报的主要是可传播或者说具有传染性的阳性人数参考文献：相关阅读
川普在疫情的“度”的被指责上肯定有些冤；“量”上，只能暂时说，新冠死亡的数字没那么多
写下“为川普叫冤”这题目其实是标题党。是希望吸引更多人来讨论当前新冠病毒核酸PCR检查存在的问题。不是真想在这里讨论政治问题
但川普本次大选，确实也是因为在对美国疫情“控制不力”的基础上被诟病，被对手指责，而失去很多选票。我网上看到过拜登的一次竞选演讲稿，第一句就是指责，川普措施不力，导致美国感染几百万和死亡20多万，排名世界第一。
疫情问题，本质就两条：感染人数和死亡人数。 美国可能排名世界第一，但，有证据能证明，美国无论是感染人数还是死亡人数，都不像目前报告的这么多。至少，“当时，有流行病学意义的感染人数”，绝对没有这么多。而且，应该是数量级的区别。所以，川普在疫情的“度”上是有些冤枉。
死亡人数问题在下篇再写。这篇继续讨论“有流行病学意义的感染人数”。因为，我目前认为美国的感染人数没有那么多的依据，是和PCR的CT值这个判断标准的数值设置过高有关。而这个，几乎全球目前标准都是偏高的 ，这种偏高诊断标准带来的政府措施和个人情绪恐慌焦虑，对我们每个人的日常生活都可能有巨大影响。就如，上海新确认一例，很多上海人的出行就会受到限制，另外很多相关的人就要接受隔离。这一个例子是确实有症状的阳性，不是我们真正要讨论的。
我这几篇讨论的都是，要是测试标准的设置问题，而导致有数量级别的实际的无传染性意义的“假阳性”呢？ 那些数字本身就带给了民众的恐慌，带给决策层压力。
至于感染人数总量，在承认核酸PCR的有效性和特异性前提下，这篇和前面那篇里提到的依据，都还不能说明总量的问题。但我自己根据目前瑞士和欧洲第二波疫情以及美国的数据，是觉得有理由怀疑目前核酸PCR测试的特异性的，也就是，目前，我其实是怀疑用于PCR测试的Sars-Cov-2的遗传序列的特异性的。 只是这个，确实还需要更深层的证据和专业的实验数据证明。
简单回顾一下，什么是病毒核酸PCR检查和CT值
什么是核酸PCR检测和CT值
前面， 我在这篇里介绍了什么是核酸PCR检查和CT值。 https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzIwMzIxODcwMQ==&mid=2653982727&idx=1&sn=1182112bf80e27876182dd5c9c8dc34d&chksm=8d16fa65ba617373db1c317923a7d65d735cde912b1545194aff866756ab5730cae4e14eb3f8&scene=21#wechat_redirect
通俗地说，就是病毒的遗传物质（核酸）太小, 一般方式测不出来。用一种方式把它扩大后，最后在荧光上能看到。通过这种方式，判断病毒的量的多少，这就是病毒的核酸PCR检测。
这种扩大是循环扩大。刚开始扩大时 ，荧光量很小，和荧光背景没区别 还是看不出来。就再扩大一次。到一定次数时 就可以看到了。CT值就是这个扩展的次数或周期。*表示的是病毒基因在特定条件下，需要被扩增多少次才能看到荧光。**
但是，要注意，CT值本身不是直接原始病毒基因的量 （在这个新冠病毒里，原始基因是RNA，还要转录成DNA模版去做这个荧光反应），也不是扩大后的扩展的产物的量。
但它和这些量有关系。就是 1. 起始模版的量（也就是和原始病毒基因密切相关的）2. 扩增后能被看到的量。3 除此以外，还有个扩增效率。
所需的周期越短，样品中的病毒或病毒载量就越大。病毒载量越大，患者越容易传染。也就是病毒基因浓度越高 到达可看到荧光阈值时需要扩增的次数（CT值）越少。
所以，和一般直接检测细菌或病毒多少的检测方式不同，那种，是大于多少算阳性，而PCR检测，用CT值小于多少，代表阳性。 表示病毒达到了一定的量，循环小于这么多次，就能看到荧光。但一定要记住，它本身不是直接的病毒基因量。这也是为什么它的结果的数值设置对是否真正有临床和传染病学阳性的判断是可能会出现问题的
全球都有数量级的高报“无传染病学意义的阳性”感染数据的情况
我注意到这个现象，是在瑞士进入十月后，报告的阳性感染数据突然剧增。瑞士从2020年2月25日报告第一例阳性，截止到9月底，春季疫情开始到解封完全恢复正常，整个七个月，瑞士报告的阳性病例是5万。而到10月，一个月报告了10万。甚至10月的最后一周，就报告了5万阳性。这是不可思议的数量级改变。
可是，这些被诊断为阳性的人里有症状，重症和死亡病例却都完全不是成比例的增高。至少不是和阳性病例数成比例。
前面七个月，报告的感染总人数5万（实际应该远远不止，因为瑞士起初是轻症不测），报告的新冠总死亡人数1784人。 而10月，报告新增阳性10万感染人数，新增死亡254人。
而且，10月，和之前瑞士基本恢复正常生活的7，8，9三个月，瑞士人的生活和出行习惯并没有太多改变。唯一变化的是，天气凉了一些，开始进入了每年的流感季节。
那么，是不是这个阳性，与流感季节有关？可是，新增有症状人数，死亡人数和重症人数都不是成比例的。
是新冠病毒本身和季节有关吗？ 那意思是流感季节出现的其它病毒导致的假阳性吗？
这时才想起，去查询新冠病毒的实验室检测标准。发现核酸PCR检测的结果是用CT值表示的。而我的朋友，全家三口被诊断为阳性，都没人告诉他们这个值是多少。瑞士是不告诉临床医生和被检测者CT值的。
我在查找资料时，发现几乎全球，都不向临床医生和被检测者报告这个CT值。只是报告阳性或阴性。 而这个CT值对临床和流行病学是有意义的。 而且，它的设置标准很可能有问题。其中一些很重要的资料证据就是来自美国科学家的研究。
而我之前一直怀疑的美国，英国包括现在的瑞士和欧洲的所谓”第二波“里很多看起来不可思议的和临床又不符合的数据和现象，用CT值过高这个因素解释，有一些很容易解释通。但还不够。这里和前面两篇，那还是暂时用CT值过高这个因素解释。
全球绝大多数国家包括美国和中国，都把诊断为阳性的CT值标准，定为小于37，或者甚至是小于40为阳性。
美国官方指导标准，CT最高小于40时，是阳性
美国FDA网站上刊登的官方CDC的指导性文件，第35页（https://blog.nomorefakenews.com/2020/11/06/smoking-gun-fauci-states-covid-test-has-fatal-flaw/），标题为： CDC 2019-新型冠状病毒（2019-nCoV）实时RT-PCR诊断面板（ CDC 2019-nCoV Real-Time RT-PCR Diagnostic Panel）。清楚地写明：
“…如果所有2019-nCoV标记物（N1，N2）周期阈值增长曲线在40.00个周期（Ct<40.00 ）内超过阈值线，则该样品被认为对2019-nCoV [病毒]呈阳性。”
中国新型冠状病毒肺炎防控方案（第七版），CT小于37时，是阳性
中国新型冠状病毒肺炎防控方案（第七版），在第52页（ http://www.gov.cn/xinwen/2020-09/15/5543680/files/931ddbb00e134025bbb86739c8ed68ee.pdf），的附件 6 ，新型冠状病毒肺炎实验室检测技术指南的第（一）实时荧光RT-PCR方法检测新型冠状病毒核酸。列出的结果判断标准如下：
阴性:无Ct值或Ct为40。 阳性：Ct值<37，可报告为阳性。 灰区：Ct值在37-40之间**，建议重复实验，若重做结果Ct 值<40，扩增曲线有明显起峰，该样本判断为阳性,否则为阴性。
“设定极限”通常意味着，“我们将一直观察到37或40个循环，以查看是否存在病毒。”
很自然，许多阅读此指南的测试实验室都会得出这样的结论：“好吧，要查看患者体内是否存在病毒，我们应该一直进行37-40个周期的测试。那是官方的建议。”
而实际上，有证据表明，CT在大于30或35时比如设置为37/40时，不仅能检测到活病毒，还能检测到没有传染性的病毒碎片。它确实是PCR检测时为阳性，但病毒无复制能力。也就是没有传染性。这些专家认为，合理的临界值为30到35，甚至更低20到25。
当我们谈起新冠病毒感染，我们真正担心或恐惧的是致病性和传染性
我们要始终记住，当我们谈起新冠病毒感染，我们真正担心或恐惧的是什么？
- 对感染者，担心的是是否致病甚至致死。 也就是你自己感觉是否有症状，病毒对器官是否有严重损坏甚至致死。如果是有症状的，要担心。尤其症状严重的。
但你感染一种病毒，然后从始至终完全无症状，病毒对你本身机体并无损害，这和机体内比如口腔内正常存在的正常菌落其实没任何区别，是不是？它就是和你“插身而过”，“挥挥手，不带走一片云彩”。这就是现在经常被提到的“从头到尾的无症状感染者”，这些对感染者自己是不用在意它实验室阳性还是阴性的。
有较轻症状，其实本质上，也不用真正在意。比如，从头到尾的一般感冒症状。它就是和感冒对你的损害一样，其实，这就是西方一些国家，包括瑞士“轻症不测，轻症不收住院”的理论基础。
理论上，在无症状，又无密切接触史时，都不用去查。
有朋友用携带乙肝病毒打比方携带新冠病毒，这个比方并不合适。因为目前的研究表明，从新冠病毒的基因组结构来看，无法整合到人类染色体中终身携带。日本长崎大学病毒教授北里海雄说，共价闭合环状DNA（cccDNA）使乙肝病毒能在人体内引发持续感染，且不能被清除，但目前在新冠病毒基因组结构中未发现可合成cccDNA的区域，长期感染可能并不大。
- 那当时的无症状感染者，我们担心的是什么？传染性。
- 大量可能携带相对少量无传染性的人被诊断，而影响真正有传染性的患者及时得到检测和被发现
- 会造成医疗资源严重挤兑，也影响正常其它
- 普通民众容易陷入盲目的大众化的极度恐慌和焦虑 ，“闻阳色变”。
- 在压力下，各级决策层，非常容易矫枉过正。不必要的各种意义的限制和Lockdown，对底层普通人民的生活带来极大影响。次生伤害，也是伤害。而且是不容易得到“同情和帮助”的伤害。
一个病即使很严重，致死性很高，比如恶性肿瘤，那都只是影响各个个体的。对患病者本身影响很大，但对其他人的健康没有直接影响。
传染病和其它严重的疾病，甚至包括恶性肿瘤等不同之处，或者说让民众担心之处，就是它的传染性。民众之所以在自己没有生病时，也对新冠“闻阳色变”，其实担心的是其它人传染给他们，而他们会因此致病。这也是管理层和卫生防疫机构针对传染病做决策的真正应该依靠的依据。
”没有传染性的阳性“，对其他人来说，其实是不必担心的。 无论是“从无症状”的，还是“曾有不同症状，现在处于恢复期”的，甚至是自己还有一些症状，但没有传染性，就不必“流行病学恐惧”。
CT值的设定标准过高，就是会导致“没有传染性的巨大数量级的实验室阳性”增多，只会增加民众恐慌，也导致政府错误决策。
所以，我们主要要担心和需要处理的是，致病和/或传染的阳性。真正当时有现实治疗意义或流行病学防治意义的也是这部分。至少，要给出CT值，并对解读和后续继续处理做出说明。而不是简单给一个实验室的阳性或阴性结果。
再次回顾，《纽约时报》和美国哈弗科学家对当前CT值标准的质疑
前面那篇文章里提到，《纽约时报》 2020年8月29日发表了一篇文章：《Your Coronavirus Test Is Positive. Maybe It Shouldn’t Be.》。这确实是一篇非常值得仔细阅读的科普文章：https://www.nytimes.com/2020/08/29/health/coronavirus-testing.html
多达90％被报告为阳性的人几乎没有携带任何病毒
“在马萨诸塞州，纽约州和内华达州的官方汇编的三组包括CT的测试数据中，多达90％被报告为阳性的人几乎没有携带任何病毒。
周四，美国记录了45,604例新的冠状病毒病例。如果马萨诸塞州和纽约州的传染性率在全国范围内适用，那么实际上只有4,500人可能需要隔离并进行接触者追踪。”
In three sets of testing data that include cycle thresholds, compiled by officials in Massachusetts, New York and Nevada, up to 90 percent of people testing positive carried barely any virus, a review by The Times found.
On Thursday, the United States recorded 45,604 new coronavirus cases, according to a database maintained by The Times. If the rates of contagiousness in Massachusetts and New York were to apply nationwide, then perhaps only 4,500 of those people may actually need to isolate and submit to contact tracing. ###
CT值由小于40 调整到30作为阳性判断标准，阳性感染人数差距可以达到90%。
纽约州实验室Wadsworth Center 在CT小于40个周期的阈值确定了872个阳性。他们证明，
如果把CT值改为35，这些测试中约有43％不再是阳性。 如果把CT值改为为30个，则大约63％将不再被判定为阳性。
中国武汉5月近1000万人全民检测，使用CT值小于37的标准，检测出来的300阳性，均证明无症状也无传染性
从实验室角度，没有分离培养出病毒。从临床角度，这些人从头到尾无症状；他们的密切接触者，核酸PCR检测全是阴性，且无症状。他们即使曾经感染，也完全对他人没有影响。
“反川派”美国首席传染病专家ANTHONY FAUCI（安东尼·福奇）也认为CT超过35没有流行病学意义
现年79岁的安东尼·福奇（Anthony Fauci）是美国国家传染病研究所所长，同时也是白宫抗击冠状病毒工作组的成员。从1984年开始，他就一直担任美国国家过敏和传染病研究所主任和总统顾问，历经里根、老布什、克林顿、小布什、奥巴马、特朗普这6位总统，因此被称作是“六朝元老”。他在整个新冠疫情中的发言，基本被看作“金理论”
科学家可能有党派，但科学无党派。
Anthony Fauci（安东尼·福奇）这次在防疫政策上的言论经常与白宫或者说川普相左。在挺川派眼里，他的表现应该是放弃中立，站在川普的对立面的。
但他在2020年7月16日，在美国一个叫“病毒学的这一周”的播客里的访谈里指出，当新冠病毒PCR测试的CT值超过35个时，它是无用的且具有误导性。他表示超过35的阳性结果不能被接受或相信。 https://www.youtube.com/watch?v=a_Vy6fgaBPE&feature=youtu.be&t=260
这里是从3:50时开始的一段对话：（大致字幕和翻译，不一定完全精准，大家最好看原始视频）
03:50 主持人问： “All right ，there have been a number of reports of patients who shed viral RNA for weeks as determined by PCR doesn't seem to be infectious virus， and the real question is are they a threat for transmission ？ and i'm wondering if you think we could use a cut off of viral loads determined by PCR to say this patient is no longer infectious， can go home ，can go to a nursing facility。 Because right now the the physicians are really having a hard time with that 。” 有很多病人的PCR报告，确定病人病毒RNA脱落持续数周 ，这些病毒似乎没有传染性。真正的问题是它们是否会构成威胁？我想知道，您是否认为我们可以使用通过PCR确定的病毒载量的阳性判断值（Cut off值）来表示该患者不再具有传染性，可以回家，可以去护理机构。因为现在医生们真的很难。 04:23 Fauci（福奇）答 “Right again a good question ！And what is now sort of evolving into a bit of a standard，that if you get a cycle threshold of 35 or more that the chances of it being replication competent are minuscule。” 这又是一个好问题！这个正在演变为一个标准，那就是，如果您将循环阈值（CT值）设置为35或更大，则病毒具有复制能力的机会就很小了。 So that if somebody and you know we do we have patients and it's very frustrating for the patients as well as for the physicians，somebody comes in and they repeat their PCR and it's like 37 cycle threshold but you never ，if you almost never can culture virus from a 37 threshold cycle ，so i think if somebody does come in with 37，38 even 36 you got to say you know it's just ，it's just dead nucleotides period。 。。。。。。有人过来，然后重复他们的PCR结果，比如，循环阈值（CT值）37，你永不或者说几乎永不会在阈值37时，培养出病毒来。所以，我想，如果某人Ct值为37，38或者甚至36，你得说：你知道，这只是死核苷酸时期（笔者注：非传染期）。
Yeah because as you know we can't easily culture infectious viruses， you don't have a bsl3 lab everywhere ，exactly， okay so is the threshold cycle is reporting that a pretty standard practice and doing diagnosis now rather than just positive or negative 因为正如您所知，因为，我们并不是到处都有bsl3实验室，无法轻松培养传染性病毒（笔者注：生物三级安全水平实验室，Biosafety level-3 lab，P3，生物安全等级，是指在封闭的实验室环境中隔离危险的病原体所需的一套生物安全防护措施。）因此，阈值周期值（笔者注：CT值）报告是一种相当标准的做法，现在正用于做诊断，而不仅仅是阳性或阴性。
okay good， yeah， i mean if when you go in，when i get my test ，you know it's negative ；when someone comes in and it's positive；they don't give them the threshold until you go back and ask for it。okay， but they they've got it they've got it 好的，我的意思是，（现在的情况是），当我来拿我的检测报告，（他们报告）我是阴性的；而另外某人来拿报告，他们报告是阳性的；但他们不会告诉他们（笔者注：被检测者）CT值，除非你自己返回去问他们。
在这个视频下面，有一些跟帖，里面提到了他们知道的美国各地实验室的一些CT值标准。大约在37-45.流行病学上，是值订得相当高，传染性角度，意义有限的。
无流行病学意义的“实验室阳性”的数据过多，引起非常多问题
FDA为什么还是把CT值设定为40？耶鲁大学NEW HAVEN医院对《纽约时报》的回应
福奇是传染病学专家，他的谈话也能证明他对CT值过高在流行病意义上的看法和其他许多病毒学和传染病专家的看法一样：PCR测试的高CT值标准，灵敏度高，但对流行病学则是负面意义超过正面。他也是白宫抗击冠状病毒工作组的成员，为什么FDA还是把CT值40设置为标准呢？
应该是担心新感染者的病毒载量可能较低。灵敏度较低的测试会漏掉这些感染。
《纽约时报》那篇文章，应该在美国引起了许多流行病学，病毒学专家的注意。耶鲁大学New Haven 医院的临床病毒实验室对1016个有症状的病人的CT值和临床做了一项研究，对《纽约时报》提到的一些问题做了些回应。 https://medicine.yale.edu/labmed/sections/virology/COVID-19%20Ct%20values_YNHH%20Aug.%202020%20_395430_36854_v1.pdf
主要的是用实际例子说明，有症状的患者，CT中值大约在25-30.但有14%，CT超过30，3.5%的CT值超过36的。而且，有一例，是症状刚开始时，PCR阴性，两天后症状加重，变为阳性，CT值37.
对这个数据，可以有两种解读。后面的文章里有空时再仔细记录讨论。
但这篇文章非常好的是，对CT值的解读，给出了详细的说明。 说明了超过30/超过35等是低度阳性/极低阳性。
这其实非常重要，毕竟， 只要承认核酸PCR检测这种方式用于新冠病毒的诊断， 就不能简单否定，毕竟，超过35/37，甚至可能超过30，都是“流行病学”阴性，但这个结果，确实不是“实验室阴性”。 给了我们一个启发：能告诉临床和患者 CT值和它们的解读意义。 当CT值超过35时，甚至30时，可能只是要追踪，而不是需要紧张。
但是，现在是传染性阳性感染的数量级区别（40-90%）造成的社会负面效应已经远远超过可能”漏掉“的少数人。无论是美国，还是中国，瑞士欧洲。
值得进一步讨论的地方： 这个CT值虽然标准定的高，但误报的主要是可传播或者说具有传染性的阳性人数
这个CT值的标准，误报的仅是病毒的可传播性。换句话说，高的CT值将使携带有该病毒（但当前没有传染性）的人测试为阳性。病毒测试确定是否具有传染性。低于35个循环阈值的“阳性”将表示有复制的covid病毒。高于35个循环计数的则是测量的“无复制能力”的病毒核苷酸，意味着该病毒已死亡。但是，这仍然属于感染过的病毒。也就是对总的感染过的阳性人数不会减少。只是表示活跃的有传染性的减少。
可是，我确实观察到的是，瑞士和欧洲当前季节的总感染人数很异常。按应该有的症状比例，按重症比例，按死亡比例，这个数字是不正常的。
所以，我对这个PCR测试的特异性，也就是流感期间，其它病毒做这个PCR测试，是否也是阳性，存疑。仔细分析起来，就是比如各种冠状病毒PCR引物的序列的分离等方面，我还有疑问。
参考文献：
[1] https://youtu.be/a_Vy6fgaBPE?t=260 [2] https://www.fda.gov/media/134922/download [3] nytimes.com/2020/08/29/health/coronavirus-testing.html [4] http://www.gov.cn/xinwen/2020-09/15/5543680/files/931ddbb00e134025bbb86739c8ed68ee.pdf